Päijänteen väylät olivat monin paikoin hankalia. Perkaamalla ja ruoppaamalla väyliä saatiin vähitellen kuntoon. Väyliä viitoitettiin 1880-luvulla onnettomuuksien lisääntyessä. Jämsänjoen suu saatiin kunnolla laivakelpoiseksi vasta 1894 - 95 ja vielä 1900-luvun puolella tuli valituksia esimerkiksi Patajoen jäämisestä viitoitusten ulkopuolelle. Tärkeimmiksi laivaväyliksi muodostuivat aluksi Vesijärveltä Jyväskylään Vaherin kautta kulkeva sekä Vesijärveltä Jämsään kulkeneet reitit. Reitti Jämsästä ja Jyväskylään muodostui sekin tärkeäksi.

Vaikka mittavat merikanavahankkeet kaatuivat, oli Vesijärven eli Vääksyn kanavalla (1871) käänteentekevä merkitys, joka näkyi jo tavalliselle jämsäläisellekin. Kun Lahden junarata oli valmistunut 1869, taittui matka Jämsästä rannikolle ja Helsinkiin sekä Pietariin monin verroin nopeammin. Toinen tärkeä kanavahanke oli Kalkkisten 1878 valmistunut kanava, joka mahdollisti puun uiton aina Kymijoelle asti.

Päijänteen liikenteen uudesta merkityksestä kertoo Vääksyn kanavan läpi kulkeneiden alusten määrä: 1873 kauttakulkuja tuli 1056. Määrä lähes tuplaantui 25 vuodessa. Samaa kieltä puhuvat tilikirjat Vesijärven asemalta, jonne lasti aluksia varten purettiin. Aseman tulot olivat 1872 yli 200 000 mk. Vuoteen 1885 mennessä Suomesta ei löytynyt toista yhtä tuottavaa rautatieasemaa. Vaikka Jyväskylä hyötyikin kanavasta eniten, sai Jämsäkin osansa kasvaneesta tavaraliikenteestä.