Savon radan valmistuttua Keski-Suomen ratahanke oli enää yhdysrata kahden pohjoiseen suuntaavan runkoradan välillä. Alkoikin kiivas vääntö tämän radan kulkureitistä. Jo ennen Savon radan valmistumista jämsäläiset olivat suunnitelleet yhdessä jyväskyläläisten kanssa v. 1884 hanketta, jota varten jämsäläiset lupasivat ilmaiset maat, raivaustyöt ja sähkösanomapylväätkin kaupan päälle. Ilmaista työvoimaakin oltiin tarjoamassa, kunhan rata vain paikkakunnalle saataisiin. Kun Keski-Suomen rata hävisi Savon radalle, myös Jämsän mahdollisuudet rataan heikkenivät.

Jämsässä ei kuitenkaan luovutettu helpolla: rataa kaavailtiin ensiksi Vilppulasta Jämsän kautta Jyväskylään. Kun näytti siltä, että Keuruu kuitenkin veisi pidemmän korren, lähetettiin ihan karvalakkivaltuuskunta Helsingin herroja taivuttelemaan. Ponnistelut kuitenkin menivät hukkaan ja lopulta Jyväskylä sopi asiasta Keuruun ja Haapamäen kanssa. Ensimmäiset junat Keski-Suomeen kulkivat v. 1896 - 97 Haapamäen kautta. Tälle radalle tuli vielä pistoratakin pohjoiseen, Keiteleen rantaan Suolahdelle, mikä entisestään sapetti jämsäläisiä, jotka yrittivät ajaa ratayhteyttä Päijänteen rantaan.

Yhdysradan rakentamien runkoratojen välille pysähtyi vuosiksi Jyväskylään. Mutta kuten liikenteen osalta niin usein, sotilaalliset näkökohdat sanelivat rakentamista ja yhteyksien vetämistä tässäkin asiassa. Pietarissa alettiin 1900-luvun alussa, suursodan uhan kasvaessa epäillä, että Venäjälle voitaisiin hyökätä Suomen kautta. Niinpä Pohjanmaan ja Savon radat päätettiin pikaisesti yhdistää strategisten näkökohtien sanelemana. Jyväskylästä yhteyttä kaavailtiin joko Pieksämäelle, Suonenjoelle tai Mikkeliin. Pieksämäki veti pisimmän korren v. 1912.

Erityisen haasteellinen oli Suomen pisimmän, Pönttövuoren tunnelin rakentaminen. Yli kilometrin pituinen tunneli valmistui lopulta kesällä 1917, tsaarin vallan jo kaaduttua. Kun rata sitten saatiin käyttöön tammikuussa 1918 siitä tuli sisällissodan valkoiselle osapuolelle elintärkeä huoltoreitti. Ensimmäiset matkustajat olivat valkoisen armeijan jäseniä ja rahti aseita. Venäjän armeijaa rata ei koskaan ehtinyt palvella, vaikka uhkakuva ulkomaisten joukkojen rantautumisesta Suomeen toteutuikin saksalaisten noustessa maihin Helsingissä keväällä 1918.